Este museo alberga una Colección de Arte Sacro formada por interesantes pinturas como la Tabla de San Martín, gótico-flamenca, realizada entre los siglos XIV y XV; o el lienzo de la Huida a Egipto, de Juan de Juanes, fechado en 1702. También pueden verse pequeñas esculturas que formaban antiguamente parte del retablo del altar mayor, del siglo XVIII.; objetos litúrgicos como cálices, casullas, encajes y piezas de orfebrería; y lo más destacado la Colección de Mantos de la Virgen de Gracia  formada por una docena de mantos, algunos de los cuales datan del siglo XVIII, realizados con gran maestría en seda o terciopelo, con bordados en oro y pedrería.