Fundada en 1948 la Cofradía del Santísimo Cristo de la Agonía es una de las cofradías más antiguas de la Semana Santa Caudetana.

A pesar de las numerosas adversidades, problemas, crisis dentro y fuera de la cofradía, siempre la imagen ha salido en las procesiones.

Nuestros orígenes se remontan al año 1948 cuando Don Pedro Sánchez Serrano decide fundar la cofradía contando con la colaboración de otros devotos. El mismo, junto a Juana Berenguer Rojo fueron los que donaron  a la cofradía una  hermosa talla del Cristo de la Agonía. 

Durante todos esos años su nombre fue "Cofradía Pasional o de Nazarenos hasta que llegado el año 1981 se le decide cambiar el nombre, así como se realiza una reestructuración de la cofradía.  Desde entonces la cofradía pasa a llamarse COFRADÍA  DEL SANTÍSIMO CRISTO DE LA AGONIA, nombre en honor al paso que ostentaba la cofradía.

Desde que fue creada siempre contó con un elevado número de socios pero poco a poco fue haciendo mella el tiempo y en el año 1981 la cofradía rozó la desaparición, fue entonces cuando se juntaron socios nuevos con uno de los pocos socios veteranos Don José Conejero "El Piñero" y decidieron realizar cambios en los trajes, organización, e incluso nombre de la cofradía con el fin de darle un impulso. Toda esa gente joven, son actualmente los directivos y colaboradores de la actual cofradía.

Fue en 1982 cuando se funda la banda de Cornetas y Tambores como apoyo a los esfuerzos de los socios, con un total de 30 músicos. Durante varios años la banda  acompaña a la imagen en las procesiones, pero acaba disolviéndose, al igual que la cofradía nuevamente vuelve a perder gran número de socios.

En el año 1994  se decide  dar un nuevo impulso a la cofradía, apoyados por numerosas personas, muchas de ellas jóvenes, y motivados por la aparición de dos nuevas cofradías Cristo de la Juventud y Cofradía Virgen de los Dolores.

Durante dicho año se forma una nueva directiva, se realizan los estatutos de la cofradía y se elige como presidente a Salvador Gómez Mollá.

Las tareas principales se centran sobre todo en la captación de socios y en la obtención de financiación.

Lo primero que se hace es modificar el traje, el antiguo traje constaba de un capucho azul, túnica negra y fajín blanco con botones blancos, posteriormente sobre el año 1981 el traje fue modificado, la túnica continuaba siendo del mismo color, pero los botones eran eliminados,  el capuz todavía azul es modificado y se le inserta  la insignia de la cofradía y finalmente el fajín blanco se sustituye por otro de color azul acompañado de unas borlas de color blanco y finalmente en el año 1994, nuevamente modificamos el traje, en este caso le añadimos una capa blanca como complemento al traje en la que aparece la insignia de la cofradía gravada en azul en el lado derecho.

En el año 1997 sacamos por primera vez tambores en las procesiones, la cofradía no tenía presupuesto para comprar tambores y es la Comparsa de Moros la que nos deja tambores y una corneta. El pequeño grupo de tambores es dirigido por José Bañón Tecles.

En el año 1998, nuestra cofradía celebró los 50 años de existencia, por ello nuestro Cristo de la Agonía salió este año en la procesión Virgen de los Dolores para conmemorar nuestro aniversario, Cristo que además sale en la procesión de los Pasos en la mañana del Viernes Santo. Desde entonces por votación en la Junta de Cofradías, la imagen sale siempre en esta procesión.

También este año la cofradía hace sus primeras adquisiciones de instrumentos, comienza el inicio de la que será la futura agrupación de tambores. José Bañón Tecles, seguirá tres años más al frente del grupo hasta que en el 2002 se hacen cargo Rubén Requena y Juan Luis Conejero.

En el año 2000, el estado deteriorado de nuestro Cristo nos llevó a ejercer un elevado esfuerzo económico y restauramos la sagrada imagen, esfuerzo que desde luego valió la pena,  nuestro cristo recuperó la hermosura que años atrás había tenido.

En el año 2002, la cofradía sale en internet con su página web.

En el año 2004, Carlos Requena y Rubén Requena organizan la primera tamborada de Caudete, evento que continúa celebrándose y se ha convertido en un acto más de la Semana Santa de Caudete, entrando en el guión de actos oficial.

En la Semana Santa del 2008, la cofradía realiza otro enorme esfuerzo económico y  estrena nuevas andas, más amplias que las anteriores, con detalles muy bonitos y son portadas por más nazarenos, lo que hace más vistosas las procesiones.

En la Semana Santa del 2009, se estrena la nueva cruz de guía, la anterior estaba muy deteriorada y se decide crear una nueva, tallada de una sola pieza. En este mismo año, se realiza un traje para los costaleros, se modifica la anchura  del traje, se bordan detalles en las mangas y se cambia el color del fajín por el blanco.

Actualmente continúa como presidente Salvador Gomez, se sigue trabajando con mucha ilusión, siempre por el bien de nuestra Semana Santa y Cofradía Santísimo Cristo de la Agonía.